Ах дүүс Триша тахал өвчнөөр нас барахад түүнийг дахин амилуулахын тулд хүнийг хувиргах хориотой алхимийн аргыг гүйцэтгэдэг. Үүний үр дүнд хувирал нь эсрэгээр болж, хууль ёсоор ижил солилцоогоор зүүн хөл, Альфонсын Эдвард бүхэл бүтэн бие эвдэрчээ. Эдвард Альфонсын сүнсийг аврахын тулд баруун гараа алдаж, цусны тамгатай хуяг дуулгатай болжээ. Рой Мустанг Эдвардыг Альфонсын биеийг сэргээн засварлах арга болгохыг урьж, мужийн алхимичээр судлуулна. Эдвард ялж, хиймэл эрхтэнийхээ дагуу "Бүтэн металлын алхимич" нэртэй болжээ.
Гурван жилийн дараа Элрикс зорилгоо хэрэгжүүлэхийн тулд домогт Философийн чулууг хайж байна. Марко тэднээс олохын тулд тэмдэглэлээ илгээдэг боловч Чулууг үнэхээр хүний тахил болгоход чухал хүчин зүйл болдог. Мустангийн найз Мэйс Хьюз судалгаагаа үргэлжлүүлж байгаа боловч Гомункулигийн стратегийг олж мэдсэнийхээ төлөө атаархлыг далдалсан байдлаар буудан хороожээ.
Изумитэй уулзахдаа Элрикс амьгүй төрсөн хүүхдэдээ хүний өөрчлөлтийг үйлдсэн болохыг олж мэдэв. Хулгайч хомункул Шунахай Альфонсыг баривчилсан боловч Аместрисын ерөнхийлөгч хаан Брэдли аварсан бөгөөд түүнийг гомункулус Уур хилэнгийн үүрэг гүйцэтгэдэг. Ийнхүү шунал нь Хомункулигийн эцэг эхийн дотор хайлж, дахин шингэдэг. Винри, Элрикс хоёр Хьюзтэй хамт очихоор Төв хот руу буцаж ирсэн боловч түүний нас барсан тухай мэдээлэв. Дэслэгч Мария Росс Хьюзийг хөнөөсөн хэрэгт буруутгагдаж байгаа ч Мустанг алагдсан бололтой. Гэсэн хэдий ч Эдвард Россыг Мустанг АНУ-аас Синд руу хууль бусаар авчрахын тулд Россыг явах үйл явцыг зохион байгуулсныг мэдэв. Хохенхайм Эдвардтай эргэн уулзсан боловч удаан хугацааны турш оршин суух газаргүй байсан тул түүнийг үл тоомсорлодог.
Өгүүллэг урагшлах тусам гол баатрууд нь Гомункули нартай олон удаа тааралддаг. Мустанг шунал тачаалыг устгадаг; Мустанг, Линг хоёр Глуттонийг барьж авсан ч тэр атаархлыг өөрийнх нь хоосон болгож, Эдвард, Линг шиг гэдэс дотрыг нь идэв. Глуттони Альфонсыг аавтай уулзахаар дагуулан очсон боловч бусад нь Глуттонигийн гэдэснээс мултрах үед Линг гомункул, ялангуяа Шуналын хамгийн шинэ аватар болж хувирна. Аавыг нь эсэргүүцээгүй тохиолдолд Элрикс хөөцөлдөхөөр суллагдсан.
Генерал Оливье Армстронг Бриггсийн доор газар доорхи хонгилыг хайж олоод, Эцэг Элрикс хоёр үндэсний хувиргах бүлгийг байгуулж, бурхны оронд авирах боломжтой болгохын тулд иргэддээ өгөхийг зорьж байна. Шунал сэргэж, аав болон түүний өмнөх дурсамжаас урваж, Кимбли Хохенхаймын химерын туслах Эдвард болон ардын хүмүүстэй нэгддэг. Хохенхайм дөрвөн зуун жилийн тэртээ аавын хэлсэн амьд гүн ухааны чулуу болон хувирсан, мөнх бус хүн биш гэдгээ хөвгүүддээ тус тусад нь илчилдэг.
Амласан өдөр ирж, аав нь хиртэлт болон хүний өөрчлөлтийг оролдсон хүмүүсийг өөрийн нэн чухал золиослол болгон хэрэгжүүлэх стратегиа эхлүүлэхээр бэлтгэж байна. Төрөл бүрийн баатрууд эцгийн туслахуудтай зөрчилдөж, бүх Хомункулигийн хугацаа дуусч байна. нь албадан Mustang дараах, түүнчлэн Elrics, Izumi, Hohenheim шалтгаан аав нь үндэсний хувиргах идэвхжүүлдэг гэж цуглуулсан байна. Гэсэн хэдий ч Скар, Хохенхайм нар эсрэг арга хэмжээ авч аврагдахын тулд Аместричуудыг идэвхжүүлдэг. Аавын баатрууд Философийн чулуугаа нураахын тулд түүнтэй тулалдах үед аав нь газар дээгүүр нүүр тулсан ч шуналыг аав устгасан.
Эцгийн эсрэг хийсэн сүүлчийн мөргөлдөөний үеэр хуяг дуулга нь бүхэлдээ эвдэрсэн боловч баруун гарыг нь эргүүлэн авахын тулд сүнсээ өгсөн Альфонс нь Эцгийн чулууг сүйтгэж, түүнийг Эдвардын Үнэний эфирийн хаалга руу буцаан илгээв. Эдвард сүнс болон Альфонсын биеийг сэргээхийн тулд алхими хийх хүчээ алджээ. Хохенхайм Тришагийн инээмсэглэлээр нас барсан булшийг харав.
